بشر 10000 سال قبل کشاورزی را شروع کرد و به کشت گیاهان وحشی دارای ارزش غذایی روی آورد. این امر منجر به شروع یک سیر تکاملی شد که در طی آن ارقام سازگار زیادی را با شرایط محلی شان کسب کردند و یک ذخیره ژنتیکی غیر قابل محاسبه ای را به وجود آوردند. در گذشته فرآیندهای تکاملی بر روی زمین صرفاً از طریق انتخاب طبیعی اعمال میشد در صورتی که امروزه انتخاب طبیعی توأم با انتخاب مصنوعی، که توسط انسان اعمال میشود، عمل میکند.
از آن جایی که تنوع مبنای همه گزینش میباشد، انتخاب ژنوتیپی نیز نیازمند تنوع میباشد با بالا رفتنتنوع ژنتیکی در یک جمعیت ، محدوده انتخاب طبیعی و مصنوعی وسیع تر میشود . لذا شناخت تنوع ژنتیکی موجود در واریتهها و ارقام فعلی در گیاهان زراعی بسیار ضروری است تا بتوان از طریق هدایت هیبریدگیری بین ارقام دارای تنوع بیشتر، هم تولد و هم ایجاد لاینهای جدید را تسهیل کرد و هم از فرسایش ژنتیکی جلوگیری کرد.
کاربرد نشانگرهاي مولكولي در تعيين تنوع ژنتيكي و اصلاح ارقام
روش‌هاي كلاسيك تخمين تنوع ژنتيكي بين گياهان برپايه خصوصيات ريختي استوار بوده ولي اين خصوصيات تحت تأثير فاكتورهاي محيطي قرار مي‌گيرند (Ford-Lloy and Painting 1996) . امروزه با استفاده از نشانگرهاي ملكولي، روش‌هاي شناسايي و تشخيص تنوع ژنتيكي، ابعاد جديدتري يافته و دقيق‌تر شده است. شناسايي گونه‌ها در دهه‌هاي اخير، با استفاده از نشانگرهاي مولكولي با اطمينان و سهولت بيشتري انجام ميشود. اين نشانگرها در شناسايي گونه‌ها و ارقام، تخمين تنوع زيستي و اصلاح ارقام كاربرد دارند (Williams et al., 1993).
برنامه‌هاي اصلاحي قديمي از طريق آميزش افراد و انتخاب نوتركيب‌هاي مطلوب از بين نسل‌هاي حاصل از آميزش صورت مي‌گرفت. چنين برنامه‌هايي بسيار پرزحمت و وقت‌گير هستند زيرا نياز به آميزش‌هاي زياد، نسل‌هاي پي‌درپي و انتخاب دقيق فنوتيپي مي‌باشد. همچنين پيوستگي بالا بين لوكوس مورد نظر و لوكوس غيرمطلوب مي‌تواند مانع رسيدن به هدف شود.
تكنولوژي DNA نوتركيب و مهندسي ژنتيك هم با اينكه مي‌توانند بر بعضي از اين محدوديت‌ها فايق آيند ولي به دليل كافي نبودن تعداد ژن‌هاي كلون شده و فقدان پروتكل‌هاي انتقال ژن به بسياري از گونه‌هاي زراعي، محدوديت دارند. از طرفي دستكاري صفات چند ژني به وسيله روش‌هاي مهندسي ژنتيك مشكل است.
ظهور تكنولوژي نشانگرهاي DNA، به متخصصين و به نژادگران گياهي كمك كرد تا بر بسياري از اين مشكلات فايق آيند. اين نشانگرها برپايه تفاوت در ترادف‌هاي نوكلئوتيدي عمل مي‌كنند و امروزه استفاده از آنها بسيار رايج شده است (Ebrahimi et al., 2010).